1、构成要素不同
地理标志构成要素一般是地理标志可以用文字或图形表示，但文字或图形只能表示特定地理区域及其特定产品的文字或图形；商标只要不违反商标法的有关禁止性规定，任何文字、图形等要素及组合都可以构成商标，主要是从视觉上的可视性进行强调。
2、获取的前提条件不同
商标获得保护的前提条件是以注册商标为先决条件；地理标志获得保护的前提条件是已经很有名气的某种商品，在质量、声誉和其他特征与该地域密切相关，注册只是对已经存在的这种权利进一步确认。
3、保护方式不同
地理标志保护制度更多地是从国家和社会公众利益出发；商标的保护是落实在私法方面，以商标法为核心加以保护，同时辅以竞争法、产品质量等经济法加以保护。
4、区别方式不同
地理标志用来区别某产地与其它地方的同类产品；商标是与生产者的关系紧密，同一地方的不同生产者生产的同类产品，只能用商标来加以区别。
5、客观性不同
地理标志是长期的积淀，是客观存在的；商标是个人或少数人主观努力的结果。
6、保护时间不同
地理标志不受时间限止，具有永久性；商标有时间限制，有效期限是10年，10年期满可以申请续展，到期不续展将会失去法律保护。
7、表达的质量联系程度不同
地理环境和人文因素完全或基本决定了地理标志产品的质量特色；商标一般与质量关系不大。
8、权力属性不同
地理标志属于公权，不得许可划定的产地范围之外使用或转让；商标属私权，不仅可以许可其他人使用，还看可以转让。
9、标识的构成不同
在标识的具体构成上，地理标志一般在商品的通用名称的标识上使用通用名称。而一般商标中不会大量使用商品的通用名称。
10、质量代表功能不同
地理标志一经形成，就直接标示产品的质量和特点；商标质量功能是在生产者对商品的长期经营过程中形成。
11、商品产地范围不同
地理标志标识的商品则只能产自于特定的自然区域；商标标识的商品没有产地范围限制。
12、标示作用不同
地理标志的作用在于标示商品的来源、质量、声誉或者其他特征；商标主要功能在于消费者识别出同类商品或服务生产者。
地理标志与商标的共同点
1、地理标志和商标都是标志，可以通过文字、图形或其组合来识别同类商标或服务来源的标记；
2、地理标志和商标都具有识别商标或者来源的功能；
3、地理标志和商标都具有广告功能；
4、地理标志和商标具有指示统一标志商品具有相同或类似的水准及品质的功能。
地理标志与商标的冲突
1、不同当事人将同一种标记分别作为商标和地理标志用于相同的商品或服务上；
2、不同当事人将同一标记分别作为商标和地理标志用在不同商品上，该标记作为商标而驰名或地理标志而知名；
3、地理名称构成的商标，已存在很长时间或已驰名，但商标权人不知道有一个与该名称同名的地区存在。
